Les conteneurs ou containers transitant par Marseille ne passent quasiment plus par le Port de commerce de la rade de Marseille, mais par le terminal containers de Fos sur Mer, propriété du Port Autonome de Marseille.
Même si l'activité progresse (600000 containers en 2005) la part de marché du Port de Marseille par rapport aux autres grands ports européens est en recul. D'importants travaux sont lancés pour étendre les capacités du terminal containers, travaux baptisés des doux noms de Fos2XL, Fos3XL, Fos4XL qui à terme devraient permettre à Marseille de traiter plus de 2 millions de conteneurs.